大多数脱氢酶的天然受体是NAD+或NADP+〔以下用NAD（P）+表示〕，例如苹果酸脱氢酶，异柠檬酸脱氢酶等 。脱氢酶的底物经这类脱氢酶的催化使NAD（P）+还原生成NAD（P）H。另一些脱氢酶以黄素为辅基，辅基在催化反应中进行氧化还原。例如琥珀酸脱氢酶，还原型烟酰胺腺嘌岭二核苷酸（NADH）脱氢酶，胆碱脱氢酶等。NADH以及一些直接以黄素为辅基的脱氢酶的底物通过脱氢酶的催化后通过细胞色素系统而被氧氧化，此时释放出的能量供机体需要。它们与细胞色素系统电子传递链的连接大体上可以用简单的图来表示。